El colegio fue fundado el 3 de octubre de 1958 por el Contador Público Víctor Muñoz Campos (q.e.p.d.)
Está afiliado al Instituto Mexicano de Contadores Públicos (IMCP) que representa a la profesión a nivel nacional e internacional y, a través de esta federación de colegios de profesionistas, el Colegio de Contadores está afiliado a la Asociación Interamericana de Contabilidad, Federación de Contadores Públicos de Asia Pacífico. Además, junto con otros once colegios de los estados de Baja California, Baja California Sur, Sonora, y Sinaloa, forma parte del Instituto del Noroeste de Contadores Públicos que representan a la profesión a nivel regional.
En Mexicali, un pequeño grupo de contadores egresados de universidad del interior de nuestro país y encabezados por don Víctor Muñoz de campo tuvo la inquietud de formar un colegio profesional estatal. En ese entonces circulaba el proyecto de decreto que se publicaría en el Diario Oficial del 9 de abril de 1959, mediante el cual la secretaria de hacienda y Crédito Publico Crearía la Dirección General de Auditoria Fiscal y apareció por primera vez la mención del Dictamen Fiscal elaborado por Contadores Públicos. Este decreto señalaba como requisito para los contadores que quisiese convertirse en dictaminadores, que estuvieran colegiados.
Las características de nuestra ciudad, joven, aproximadamente 80 años en su primera etapa inminentemente agrícola, con inversión extranjera dominante en el campo y en la ciudad, no representaban un escenario propicio para la profesión contable gozara de gran demanda en Mexicali.
En 1958 solo cinco personas ejercían la profesión independiente en nuestra ciudad, Víctor Muñoz Sánchez Barroso, Ignacio Alcocer, José Gordillo y Enrique González Ramos, número que resultaba insuficiente para formar un Colegio profesional. En Tijuana, al igual que en Mexicali, había, había contadores con la misma inquietud y antecedentes: habían estudiado en universidades fuera del estado, algunos regresaban a esta su tierra natal y otros iban a asentar su residencia en Tijuana. Buscaban la forma de integrarse a algún Colegio de Contadores. Algunos pertenecían al Colegio de Contadores de México o de Guadalajara, pues en aquellas localidades habían estudiado, comenzando a trabajar y se habían afiliado al Colegio local, pero les quedaba claro que habría que buscar la creación de una organización en Baja California que les permitiera representación en forma institucional.
10 de Septiembre de 1968
En Mexicali, en boulevard Las Palmas 1293, fraccionamiento Los Pinos, celebraron una asamblea extraordinaria para acordar la recomendación del Colegio para la creación de una extorsión de la Facultad de Comercio y Administración de la Universidad Autónoma de Baja California. Asimismo, se confirmaron las bajas de Antonio Acosta Duarte y Moisés Ramírez Gándara.
17 de Abril de 1970
En la ciudad de Mexicali en las instalaciones de Cámara Nacional de Comercio se llevó a cabo la asamblea de socios. Se aceptaron como socios a Joel Nuño Carrillo, Eduardo Guillermo Hernández Araico, Carlos José Escalante Álvarez, Ismael Eduardo Jáuregui Félix, Aurelio Padilla Ibarra, Emilio Cuellar Acuña, Héctor Torres Asencio, Carlos Miramontes y Rodolfo Armando Aguilar Quiroz.
Octavio Vega Valenzuela comento lo siguiente:
Llegué a Mexicali en 1970 y ese año ingresé al Colegio. En la ciudad apenas había 13 contadores y nos juntábamos los sábados en forma meramente social, había mucho entusiasmo y ganas de hacer eventos, las reuniones casi siempre eran en la oficina de don Víctor Muñoz.
En 1973 nos tocó ser anfitriones de la Tercera Convención Regional de Noroeste y se formó un equipo muy motivado; colabore con Cesar Córdova, con don Víctor y con otro grupo de personas y llevamos a cabo una convención muy exitosa. También me toco ser parte del equipo que logro el terreno para el Colegio, nos lo dono el gobernador Milton Castellanos, es donde hoy está instalado el Colegio de Mexicali. En varias ocasiones fuimos a Tijuana y a Ensenada a reuniones de Colegio. Me tocó ser presidente del Colegio de Mexicali ya que nos habíamos separado.
Jacinto Astiazaran-
Me acuerdo de la división que empezó con la rivalidad, entre comillas, entre Mexicali y Tijuana. Yo tengo la idea que Mexicali la busco más que Tijuana. Hubo unas fricciones en las que me invitaron Colegas Mexicali para que corriera para Presidente y Mexicali me lanza, pero había un acuerdo de caballeros que un periodo era Mexicali y otro Tijuana y un día en las mañanas me llaman de Mexicali y con gran entusiasmo este grupo me dice que me lance siendo que le correspondía a Mexicali. Con ese motivo hubo una reunión en Tecate; ahí una de los fundadores trato de persuadirme para que me retirara y no retire. Finalmente, las elecciones fueron ganadas por Benjamín Novelo. Ésta se inició en la misma asamblea del 16 de Junio de 1978; aquí se eligieron a los siguientes colegas para dirigir los destinos de nuestro Colegio para el bienio 1978-1980.
Presidente Carlos Vega Kuri
Vicepresidente Andrés Hernández Morgado
Secretario Mexicali Octavio Vega Valenzuela
Secretario suplente Mexicali Rogelio H Espino
Pro Secretario Tijuana Maria Guadalupe Sánchez Lorenzano
Secretario Ensenada Enrique Arce Fernández
Tesorero Mexicali Jaime Ainsle Palencia
Pro tesorero Tijuana Ramiro Reynoso Marqués
Pro tesorero Ensenada Alejandro Sánchez del Palacio
Vocal propietario Mexicali Raymundo Dávalos P.
Vocal Suplente Ensenada Enrique Escobedo
Auditor David Moreno
En esa asamblea resalta la primera mujer que ocupa un puesto de elección, siendo la colega María Guadalupe Sánchez Lorenzano de la ciudad de Tijuana, quien resultó electa pro secretario, resultando además la única mujer en las filas de Colegio. Cabe resaltar que en el periodo de Mario García González había fungido como secretaria en funciones a la renuncia de Pedro Cosme Ortiz.
El 6 de Octubre de 1978 se llevó a cabo la asamblea de socios en Mexicali, donde se informó de la necesidad de modificar los estatutos a efecto de titular el terreno que había donado el Gobierno del Estado en la ciudad de Mexicali. También se nombraron varias comisiones y presentaron diversos informes.
La directiva electa para el bienio 1978-1980 estuvo en funciones solamente hasta el 13 de septiembre de 1979, fecha en la que en la ciudad de Mexicali se llevó a cabo una asamblea donde se acordó la separación de los Colegios, acuerdo que surtió efectos a partir del 13 de diciembre de 1979
